در ژاپن قرن هفدهم، دو کشیش یسوعی پرتغالی به دنبال استاد خود می‌گردند که شایعه شده مرتکب ارتداد شده است، و تلاش می‌کنند تا آیین کاتولیک را ترویج دهند.

اویچی ممکن است با حریف قدری روبرو شده باشد، چرا که با زیبایی شیطانی که هدفش نابودی اوست رقابت می‌کند. او باید قبل از رویارویی با بزرگ‌ترین رقیب خود، با چالش‌های متعدد دیگری روبرو شود. در حالی که او آرزو دارد مانند زنان دیگر زندگی کند و عشق بورزد، متوجه می‌شود که هرگز نمی‌تواند یک زندگی عادی داشته باشد؛ شمشیری که او مانند یک پتوی امنیت به آن چنگ زده است، همیشه بین او و چنین زندگی‌ای فاصله خواهد انداخت.

سال‌ها جنگ با اتحاد ژاپن تحت حکومت شوگون‌سالاری توکوگاوا به پایان می‌رسد و ساسوکه ساروتوبی، جاسوس سامورایی که از درگیری خسته شده است، آرزوی صلح دارد. با این حال، هنگامی که یک جاسوس عالی‌رتبه به نام تاتواکی کوریاما از شوگون به یک قبیله رقیب پناهنده می‌شود، دنیای شمشیرزنان دچار آشوب می‌شود. پس از اینکه ساسوکه ناخواسته به این درگیری کشیده می‌شود، تاتواکی را تعقیب می‌کند، در حالی که به نظر می‌رسد یک شخصیت مرموز با شنل سفید هر دوی آن‌ها را شکار می‌کند. در پایان داستان، هیچ‌کس آن چیزی نیست که به نظر می‌رسید و حقیقت بسیار شخصی‌تر از آن است که کسی تصورش را می‌کرد. فیلم «جاسوس سامورایی» ساخته ماساهیرو شینودا، سرشار از توطئه‌های قبیله‌ای، جاسوسان نینجا و خیانت‌های چندجانبه، یک انحراف سبکی جسورانه از سنت فیلم‌های شمشیرزنی به شمار می‌رود.

شیزوئو که با احساسات واقعی، رویاها، خاطرات گذشته و واقعیت دست‌وپنجه نرم می‌کند، در آستانه ازدواج است؛ اما میان همسر آینده‌اش و عشقی که به مادرش دارد، سرگردان و دودل مانده است.